ทฤษฎีการแพทย์แผนไทยมีแนวคิดการดูแลสุขภาพแบบองค์รวมซึ่งพัฒนาบนพื้นฐานของอายุรเวทของอินเดีย จะเห็นได้จากศัพท์แพทย์เป็นภาษาบาลี สันสกฤต โดยที่มองว่าระบบการทำงานของร่างกายนั้น มี 3 ระบบใหญ่ คือ
ระบบวาตะ ปิตตะ และ
เสมหะหรือ
คัพภะ หรือ
ไตรโดชา (Tri Dosha) โดยระบบวาตะเกี่ยวข้องกับการขับเคลื่อนภายในร่างกาย รวมถึงระบบไหลเวียนโลหิต ระบบประสาท ระบบการเคลื่อนขึ้นหรือลงภายในร่างกาย ระบบหายใจ เป็นต้น ระบบปิตตะ เกี่ยวข้องกับระบบการย่อยอาหาร กระบวนการแยกสลาย (catabolism) ระบบการควบคุมอุณหภูมิของร่างกาย ความเสื่อมชรา เป็นต้น ระบบเสมหะ เกี่ยวข้องกับระบบหล่อลื่น ระบบเอนไซม์ ระบบภูมิคุ้มกัน กระบวนการสร้าง (anabolism) เป็นต้น
ร่างกายประกอบด้วยธาตุรูป 4 ชนิด คือ ปถวีธาตุ 20 ประการ อาโปธาตุ 12 ประการ วาโยธาตุ 6 ประการ และเตโชธาตุ 4 ประการ ทั้งหมดรวม 42 ประการ ถูกจัดรวมเป็นระบบมหาภูตรูป ย่อรวมเหลือกองละ 3 เพื่อประโยชน์ในการตั้งตำรับยาบำรุงรักษาร่างกายดังแสดงในตารางที่ 1
ทฤษฎีการแพทย์แผนไทยได้คำนึงถึงปัจจัยภายนอกที่อาจส่งผลกระทบต่อระบบการทำงานของร่างกายในส่วนของมหาภูตรูป คือการเปลี่ยนของสภาวะแวดล้อมอันเนื่องมาจากฤดูกาล ร่างกายต้องปรับเปลี่ยนการทำงานให้สอดคล้องเหมาะสม ไม่เช่นนั้นอาจเกิดการเสียสมดุลและนำมาซึ่งความไม่สบาย ซึ่งแบ่งออกได้เป็น 3 สถานะ คือกำเริบ หย่อน และ พิการ ในการปรับสมดุลให้ร่างกายสามารถทำงานเป็นปรกติแข็งแรงอยู่เสมอ มีพิกัดเบญจกูลประกอบด้วยสมุนไพรประจำธาตุทั้ง 4 และอากาศธาตุ ดังในตารางที่ 2
แพทย์ไทยได้กำหนดส่วนผสมของสมุนไพรเพื่อปรับสมดุลมหาภูตรูปทั้ง 3 กองของธาตุสมุฏฐานทั้ง 4 ไว้แล้ว ดังแสดงในตารางที่ 3-6
อนึ่ง การนับเดือนตามทฤษฎีการแพทย์แผนไทยเป็นการนับตามจันทรคติอาศัยข้างขึ้นข้างแรมในการนับเดือน มีศัพท์ที่สัมพันธ์กับจักราศี มีเดือนแรกเรียกว่าเดือนอ้าย คือเดือนธันวาคม เริ่มนับการขึ้นต้นเดือนที่แรม 1 ค่ำ ไปจนถึงขึ้น 15 ค่ำในเดือน ถัดไปดังในตารางที่ 7
