การตรวจหายีน phaEของอาร์เคียชอบเค็ม โดยวิธี PCR |
| โดย: นางสาวสุกัญญา มะลิวัลย์,นางสาวสุธาน บัวใหญ่ ปีการศึกษา: 2558 กลุ่มที่: 8 อาจารย์ที่ปรึกษา: มนตรี ยะสาวงษ์ , คณิสส์ เสงี่ยมสุนทร ภาควิชา: ภาควิชาชีวเคมี Keyword: PHA synthase,Bioplastic,haloarchaea, ยีน phaE, วิธี PCR, PHA synthase, Bioplastic, haloarchaea, phaE gene, PCR method |
| บทคัดย่อ: เอนไซม์ PHA synthase เป็นเอนไซม์หลักในกระบวนการสร้างพลาสติกชีวภาพ ประกอบด้วยสายของ hydroxyalkanoateเรียงต่อกันซึ่งจะได้เป็น polyhydroxyalkanoates (PHAs) ยีน phaCเป็นยีนที่จำเป็นในการสร้างเอนไซม์ PHA synthase ทุกกลุ่ม แต่ยีน phaEจำเป็นในการสร้างเอนไซม์ PHA synthase กลุ่ม 3 ซึ่งตรวจพบได้ในอาร์เคียชอบเค็มบางชนิดวัตถุประสงค์ของงานวิจัยชิ้นนี้เพื่อทำการคัดเลือกแหล่งดินที่มียีน phaEโดยเก็บตัวอย่างดินจากคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล กรุงเทพมหานคร ดินตะกอนจากป่าชายเลน จังหวัดชลบุรี ดินนาเกลือจากจังหวัดจันทบุรี ดินจากภูลังกา จังหวัดพะเยา และดินsolar lake จาก Inner Mongolia ประเทศจีน แล้วนำมาสกัด DNA ด้วย Isolation kit จากนั้นนำไปศึกษายีน phaEด้วยวิธีการทำPCR โดยใช้อุณหภูมิ annealing 60oCแล้วนำไปตรวสอบด้วยวิธี gel electrophoresis โดยการใช้ Haloquadratumwalsbyiเป็นตัวควบคุม จากผลการทดลองพบแถบ DNA ของยีน phaEขึ้นที่ 224bp ในตัวอย่างดินจากจันทบุรี และดินจาก inner Mongolia ประเทศจีน สำหรับตัวอย่างดินอื่นๆ ที่ไม่พบยีน phaEอาจเนื่องมาจากมีปริมาณอาร์เคียชอบเค็มน้อยจนไม่สามารถตรวจสอบได้ ดังนั้นตัวอย่างดินจากจันทบุรี และดินจาก inner Mongolia ประเทศจีน เป็นตัวอย่างที่มีความเป็นไปได้สูงที่จะพบอาร์เคียชอบเค็มที่มีความสามารถในการสร้างพลาสติกชีวภาพอาศัยอยู่ได้ |
| abstract: PHA synthases are major enzymes for bioplastic production. The bioplastic are polymerized by hydroxyalkanoate monomer. All classes of the PHA synthases are encoded by phaCgene. However phaE gene is a biomarker for microorganisms that possess PHA synthase class III.The PHA synthase class III is found in some haloarchaeal strains. The objective of this study isto sort out the soil samples contained PHA-producing haloarchaea that have phaE gene.The soil samples were collected from garden soil of Faculty of Pharmacy (Mahidol University, Bangkok), mangrove sediment (ChonBuri), sediment of salt-farm (Chantaburi), garden soil of Phu Lanka (Phayao) and sediment of solar-lake of Inner Mongolia (China). The metagenomic DNA was isolated from the samples by isolation kit and detected phaEgene by PCR (annealing 60oC)and gel electrophoresis method (Haloquadratumwalsbyiis used to be positive control). From the result, phaE gene bands from sediment of salt-farm (Chantaburi) and solar-lake of Inner Mongolia (China) were detected at 224 bp. However, the other soil samples have undetectable phaE gene. Accordingly the soil samples from sediment of salt-farm (Chantaburi) and solar-lake of Inner Mongolia (China)sediment of salt-farm (Chantaburi) and solar-lake of Inner Mongolia (China) that contained PHA-producing haloarchaea have high tendency to produce bioplastic. |
| . |